Кусанаги Мотоко (яп. 草薙 素子 Kusanagi Motoko?) — псевдоним главной героини, работающей в 9 отделе МВД Японии. Попав в авиационную катастрофу (в 6 лет) и потеряв родителей, находилась в коме два года до тех пор, пока не стало ясно, что она умрет без полной кибернетизации тела. Перенесла трансплантацию мозга, одной из первых стала практически 100 % киборгом; только её мозг и один сегмент спинного мозга остались человеческими и помещены в защитную оболочку, обеспечивающую жизнеобеспечение, взаимодействующую с её телом и расширяющую функциональность мозга — т. н. кибермозг. В первом фильме, расследуя дело Project 2501 (Puppet Master), чье тело было построено на той же фабрике, что и её, начала сомневаться, действительно ли её сущность, её «призрак», душа, являются человеческими. В первом сезоне сериала (серия «Дезинтеграция») ее кибер-тело было уничтожено фактически полностью — без возможности перезаписать призрак на другой носитель (пуля снайпера попала в голову, уничтожив мозг). Однако, как выясняется позже, её новое тело управлялось дистанционно, чему поспособствовал Смеющийся Человек. Позже Майор призналась, что наверное является единственным человеком, получившим опыт посмертия.
Давно забыв своё истинное имя, Мотоко на протяжении своей жизни научилась управлять своим искусственным телом в совершенстве, что сделало её первоклассным оружием (отсюда и псевдоним «Кусанаги», то есть «поражающий меч»). За свои выдающиеся способности в военном искусстве получила прозвище «майор»[источник не указан 210 дней]. После окончания военной карьеры она перешла в МВД, где был создан специальный отдел по борьбе с терроризмом и компьютерной преступностью. Её кибермозг позволяет буквально «нырять» в компьютерные сети, высокопрочное тело, весом в 2 центнера с титановым скелетом делает майора весьма крепким бойцом, наделенным внушительной физической силой. Более того, Майор хранит также свои прежние (детские) тела, с помощью которых порой наблюдает за сотрудниками отдела или же скрывается.
Кусанаги неплохо владеет Тхэквондо, прекрасно стреляет и к тому же является первоклассным хакером. Её способности не позволяют идентифицировать себя с людьми. Кроме того, жизнь, полная убийств и насилия, и полное одиночество ведут к глубокому душевному конфликту, имеющему явно нигилистически-депрессивный характер. Никакой возможности покинуть Отдел у неё нет: она стала заложником собственного тела, которое теперь принадлежит государству, о чём становится известно из её разговора с Бато на борту катера в первом фильме. Несмотря на совершенное тело, её иногда преследуют воспоминания детства, например, как она, не привыкнув еще к кибертелу и не рассчитав силы, нечаянно сломала куклу, сжав её в кулаке.
В зависимости от ситуации у неё были разные «доспехи», но она предпочитает тела, похожие на молодых женщин. Презирает мужчин, которым нужны женщины только для удовольствия и домашней работы. Неравнодушна к Бато, во втором сезоне сериала появляется также первая любовь Мотоко Хидео Кудзе, с которым она лежала в одной палате больницы после авиакатастрофы. Майор часто забывает о своих подругах, одна из которых работает в больнице. Кусанаги тяжело перенесла привыкание к кибернетическому телу в детстве, поэтому переживает за других детей с кибертелами. Несколько раз синхронизировала свою память с чужой, получая новый жизненный опыт.